密歇根州立大学拥有17所独立学院授予超过200个不同学位的学术课程：
寄宿学院：
密歇根州立大学拥有数所依照牛桥的“生活-学习”经验运作的寄宿学院。借由学生宿舍授课，寄宿学院会提供学生与教职员更多接触的机会。密歇根州立大学的第一间寄宿学院贾斯汀摩利尔学院成立于1965年和一套含跨各学科的课程。
从1967年开始詹姆士麦迪森学院(James Madison College)尝试将小型的公立学院与重点大学的优点融合。 詹姆士麦迪森学院的讲课通常采小班制、一般有二十五名学生、而且大部分的指导教授皆为终生职。詹姆士麦迪森学院所有的三个科系都要求两年的外语课程和一年的实习或留学经验。虽然詹姆士麦迪森学院的学生只占密歇根州立大学百分之四的研究生，他们代表密歇根州立大学约百分之三十五的荣誉学生(Phi Beta Kappa Society)
专业学院：
法学院：
密歇根州立大学法学院原名底特律法学院创建于1891年，且是一所独立法律学院。底特律法学院在1995年并入附属于密歇根州立大学，并从底特律搬迁至现今的东兰辛市。底特律法学院成立时是密歇根州底特律的第一所法学院，也是全密歇根州的第二所法学院。
在2018年10月该学院开始了一个完全融入密歇根州立大学的过程，从私立法学院转变为公立法学院，与密歇根州立大学的整合于2020年8月17日完成，正式成为密歇根州立大学法学院。
密歇根州立大学法学院的学生来自42个不同的州与国家，法学院负责发行《密歇根州司法评论》和由学生所编辑《商业与证券法期刊》，密歇根州立大学法学院同时也是美国第一所审判实习学院、杰费·法格(Geoffrey Fieger)审判实习学院的根据地，密歇根州立大学法学院的知识产权和通讯法课程排名全美排名第十七。
商学院：
伊莱·博德商学院(Eli Broad College of Business)的课程包括会计学、信息系统、金融、管理学、市场营销学、供应链管理、以及酒店管理学。本学院共有4775名大学生和776名研究生。伊莱博德商学院不但提供三套工商管理硕士(Master of Business Administration)的课程，同时也和密歇根州立大学法学院合作提供双主修学位(Joint degree)。伊莱·博德商学院在美国商业周刊的全国公立学院中排行TOP13。
医学院：
密歇根州立大学医学院(MSU College of Human Medicine)共分成六座不同的校区、分别位于兰辛、卡拉马祖、 芬林、 萨基诺、马凯特(Marquette)以及大急流城。 每个校区与当地的医院、其他医疗机构有合作，像兰辛市校区就包括了史派罗医疗系统(Sparrow Hospital)和英翰区域医疗中心(Ingham Regional Medical Center)。
密歇根州立大学骨疗学院(MSU College of Osteopathic Medicine)是世界第一所由社会大众所筹设的骨疗学院，本院超过二分之一的毕业生就业于密歇根。2008年密歇根州立大学董事会核准了骨疗学院在密歇根东南部的两处扩建提案，董事会表示这不但会提升密歇根的医护教育，同时也解决了预期的内科医生短缺。根据美国新闻与世界报导，本学院常出现于全美医学院TOP10的排行。
沃顿表演艺术中心：
近年来密歇根州立大学的音乐课程经历了显著的成长。音乐科系的招生率在1991年至2004年间成长超过百分之九十七。2007年年初密歇根州立大学董事会注意到了这个成长，并决定将音乐科系独立成立自己的学院，新学院的创建面临了许多新的挑战，例如：如何有效利用受限的空间和资金。密歇根州立大学的音乐学院计划持续过往的成功经验、平均每年至少毕业二十五年研究生以维持其学术水平。
密歇根州立大学师范学院授予多种不同的大学以及研究生学历，其中包括辅导学、教育心理学、特殊教育、教师培训和人体运动学。本学院的基本和二级教育课程全美排名前段，而复健辅导学则是共列第一。
创立于1956年密歇根州立大学荣誉学院为表现杰出的大学学生提供量身打造的个别课程。虽然这个学院没有自己的科系，但它依然拥有自己的院长和学术顾问来帮助荣誉学生完成他们的学业。
高中毕业生如果在校成绩排名前百分之五而且拥有最少SAT1360或ACT30才可以在进入密歇根州立大学时选择加入荣誉学院，如果没有在入学时即进入学院，学生必须拥有三点五以上的成绩平均积点才可申请加入。一旦成为荣誉学院的一员学生必须维持将学期成绩维持不低于3.2，并完成八堂荣誉课程才可在毕业时获得荣誉学位。
