佛罗里达大学的创立历史，可以追溯到美国佛罗里达州州公立高等教育的源头。
佛罗里达大学最初是在1851年，由佛罗里达州州政府立法通过，并于1853年，在佛罗里达州城市奥卡拉（Ocala）成立了东佛罗里达学会（East Florida Seminary），这也是美国佛罗里达州首个得到州财政支持的高等教育机构。
同一时期，由来自北卡罗来纳州的教育家、甘城所在的阿拉楚阿县（Alachua County）的州参议员詹姆斯·亨利·罗珀（James Henry Roper）亲自督办，在甘城创立了私立甘城学院（Gainesville Academy），之后，美国内战开始，1866年，东佛罗里达学会被迫暂时关闭。当时，参议员詹姆斯·亨利·罗珀与佛罗里达州州政府做了一笔交易：他自愿将个人所拥有的土地及甘城学院统统转让给政府，以此作为交换东佛罗里达学会迁往甘城的条件。不过，那个时候的东佛罗里达学会地址和现在佛罗里达大学的地址并不在同一个地点，而是处于现今的甘城商业区。
1884年，东佛罗里达学会在佛州莱克城（Lake City）成立了当时影响非凡的佛罗里达农业学院（Florida Agricultural College）。
1902年，学校才将名字改为佛罗里达大学（University of Florida）。
1905年，亨利·霍兰·巴克曼（Henry Holland Buckman）起草的《巴克曼法案》顺利通过。该法案中，将当时几所知名的公立大学合并为佛罗里达州大学（University of the State of Florida），包括甘城的东佛罗里达学会、湖城的佛罗里达大学（前佛罗里达农业学院）、圣彼德斯堡的圣彼德斯堡师范工业学校（St. Petersburg Normal and Industrial School）、巴托（Bartow）的南佛罗里达军事学院（South Florida Military College）。
同年7月6日，甘城就成了这所合并之后的综合大学的新校址，这也是佛罗里达大学现在的校址。
1906年9月26日，新佛罗里达州立大学开始正式上课，最初学生仅有102名，之后，该校在很长的一段时间里没有正式对外招收女生。，不过，目前学校男女比例为48：52，所以，有意申请这所历史悠久的名校的优秀女生们，不用担心。
1909年，校名才被简化，也就是现在的佛罗里达大学（University of Florida）。
1911年，短吻鳄被选为佛罗里达大学的吉祥物，所以，常有学生自嘲，说自己是在短吻鳄的池子旁读书。
1928年，时任总统约翰·J·泰格（John J. Tigert）创立了佛罗里达大学的助学金体育奖学金计划，这也是当今NCAA（National Collegiate Athletic Association，全美大学体育协会）仍在使用的体育奖学金。或许是因为这个原因，佛罗里达大学是全美公认的以体育著称强校。
除了体育实力强劲外，佛罗里达大学多元化的学术教育也是声名远播。目前，佛罗里达大学作已发展成为佛罗里达州最大的大学，也是全美最大的研究型大学之一。
2005年，佛罗里达大学所获研究专利数量，在全美所有私立大学和公立大学总排名中位列第七，总计获得研究经费高达583000000美元，完胜佛罗里达州其他大学总和。
2002年起，佛罗里达大学与其他6所大学共获美国国家航空航天局1500万美元的研究经费，对一系列空间领域的科研项目展开研究，其中，包括激光干涉引力波天文台、NASA激光干涉空间天线计划。此外，佛罗里达大学还与西班牙有关组织展开积极的学术合作，在加那利群岛上建起了世界上最大的望远镜，总计经费9300万美元。
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