克莱姆森大学的创始人是托马斯·格林·克莱姆森(Thomas Green
Clemson)，其妻子是美国著名的南卡罗来纳州政治家和第七任副总统约翰·卡尔豪(John C. Calhoun)的女儿安娜·玛利亚·卡尔豪(Anna
Maria Calhoun)。
克莱姆森先生于1838年来到了南卡罗来纳，当他在1888年去世前决定在他的大部分地产之上建立一个致力于为南卡罗来纳州居民提供农业科学和机械工程教育的学院，这是克莱姆森大学的建校原因。
在克莱姆森先生的遗嘱之中，他明确表示自己的院校能够效仿密西西比农学院(现美国密西西比州立大学)去建立，遗嘱原文如下：
This institution, I desire, to be under the control and managementof a board of trustees, a part of whom are hereinafter appointed, and to bemodeled after the Agricultural College of Mississippi as far as practicable。
克莱姆森先生之所以想要建立一所为南卡罗来纳州居民提供农业科学和机械工程教育的学院，主要是因为受到了当时的南卡罗来纳州州长本杰明·蒂尔曼(Benjamin Tillman)的影响，当时州长提议南卡罗来纳州的立法机关建立一个州立农学院，但是最终未获通过。
1889年，南卡罗来纳州州长约翰·彼得·理查德森三世(John Peter Richardson III)签署了建立南卡罗来纳州克莱姆森农学院的法案。因此土地拨赠法案和1887年的哈奇法案中的农业教育联邦资金也从南卡罗来纳学院转移到了克莱姆森农学院上。
克莱姆森农学院于1893年7月正式建立后开始面向社会进行招生，第一批学生人数仅仅有446名，最初学校只是一个白人男子院校，学校从1955年才回归平民化，并成为男女同校的学校。
在1963年，克莱姆森农学院正式接受了第一位非裔美国学生，该学生后来成为北卡罗来纳州夏洛特市市长哈维·甘特(Harvey Gantt)。
在1964年，因为克莱姆森农学院的研究生项目和研究生成就取得了突破进展，得到了当时州立法的认可后改名为现在的克莱姆森大学(Clemson University)。
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